真實身份謎團重重、每個人都有著復雜背景的危險一家——赤井家族。在來葉崖假死的FBI探員赤井秀一，《名偵探柯南緋色的不在證明》以他為中心展開，揭開了赤井秀一、世良真純、羽田秀吉、瑪麗等人的個性，以及他們幾人之間的關系。故事的高潮則在講述赤井秀一華麗復活的“緋色”系列。在某個事件中，赤井秀一的宿敵、代號為波本的安室透從FBI那打聽到了“線索”。之后，安室透便深入調查赤井秀一與沖矢昴的關系。在經過了一系列的高智商攻防戰(zhàn)后，赤井秀一的回歸給所有人帶來了沖擊。而在這一連串的“不在場證明劇”的真相背后，都有著柯南的身影——《名偵探柯南》系列中不可缺少的赤井一家，該總集篇將徹底解剖他們至今為止的行動軌跡、以及他們與柯南的關系。