犬夜叉劇場版超越時(shí)空的思念全集動(dòng)畫故事講述了在很久以前(大約在犬夜叉被封印之前的200年前)，中國大陸妖怪(忽必烈汗)的飛妖蛾率領(lǐng)妖怪軍團(tuán)攻打日本，當(dāng)時(shí)由支配西國妖怪的犬夜叉的父親迎戰(zhàn)，經(jīng)過一倫激戰(zhàn)，犬夜叉父親成功擊退了他們，同時(shí)用自己的牙將飛妖蛾他們封??；但是當(dāng)戈薇回到過去將犬夜叉之封印解除及不小心用箭將“四魂之玉”弄碎并且碎片分散至四方，其中有一塊碎片飛至飛妖蛾的妖怪被封印的地方，令飛妖蛾兒子瑪瑙丸蘇醒并繼承父親的妖力，于是他便找犬夜叉報(bào)仇。目的不是奪取“四魂之玉”，而是要狙擊持有鐵碎牙的犬夜叉(相信是瑪瑙丸為報(bào)復(fù)犬夜叉父親用他的牙封印飛妖蛾一事)。 當(dāng)犬夜叉及戈薇等人像平時(shí)在尋找“四魂之玉”碎片的旅途中時(shí)，途中受到襲擊，經(jīng)常陪伴珊瑚的云母被玻璃控制；為救珊瑚而使出風(fēng)穴的彌勒，竟然被琉璃復(fù)制“風(fēng)穴”的能力，珊瑚和彌勒還差點(diǎn)被琉璃的風(fēng)穴吸進(jìn)去，幸好楓婆婆及時(shí)出現(xiàn)并要箭趕走她們…… 另外瑪瑙丸卻親自找犬夜叉挑戰(zhàn)，而且瑪瑙丸手持的劍居然能令鐵碎牙回復(fù)原狀，犬夜叉經(jīng)過幾次打斗后竟然不敵被打倒，而瑪瑙丸正想拾起鐵碎牙時(shí)，卻被它的結(jié)界所傷，于是便帶走戈薇…… 戈薇被帶至他們的巢穴，她更被玻璃用頭上的玉與四魂之玉結(jié)合成一塊紅玉放在她的額頭上。戈薇清醒后初時(shí)沒有什么問題，直至犬夜叉救了她后，與及瑪瑙丸取得新的力量后，戈薇整個(gè)身體被瑪瑙丸控制，沒有知覺的她竟然出手攻擊犬夜叉與及用箭射他(重復(fù)桔梗用箭射犬夜叉封印在御神木上的歷史！)后來戈薇回復(fù)知覺時(shí)才知道自己所做的一切，此時(shí)桔梗突然出現(xiàn)并責(zé)備戈薇，更將她推落食骨井令她永遠(yuǎn)不要見犬夜叉！ 到底犬夜叉會(huì)否真的被封印？戈薇能否回到古代？珊瑚與彌勒怎樣去應(yīng)付琉璃與玻璃呢？蘇醒了犬夜叉能否打敗新力量的瑪瑙丸呢？