他為了死亡，選擇了偵探之路……時為2030年代。集合在神秘偵探明智小五郎手下的“少年偵探團”。他們以天賦的行動力，將大大小小的事件導向解決。某天，成員花崎健介遇到了神秘的少年小林芳雄。由于“正體不明的煙霧”而變成“無法死去”之身的小林，期盼著自身的死，拒絕與他人的接觸。對于這樣的他的存在懷有興趣的花崎向他提出“要不要加入‘少年偵探團’？”……小林與花崎。他們的相遇，終將與世紀的犯罪者怪人二十面相和明智小五郎的因緣相互交錯，并推動兩人的命運……